Listar programas

Ola pessoal, estou com um grande problema,

É o seguinte tenho um sistema de portal em php que possui mais de
2.000 paginas em php.

Minha dúvida é o seguinte:

1- Qual a melhor maineira de documentar todos arquivos.
2- Como saber de maneira rapida, as paginas que são chamadas e que
chamam.
(por exemplo: a pagina index.php contem o comando include "teste.php",
por sua vez abrindo o teste.php como vou saber que está sendo chamada
pelo index.php?

Não sei se deu para entender, mas, estou precisando realmente de uma
ferramenta que me auxilie nessa tarefa. Algo parecido com phpxref, mas
ele nao lista todos os itens.

Agradeço desde agora.